Pengeboran yang berjarak 200 meter dari situs abadi tersebut diduga menyebabkan kebocoran gas sehingga mengurangi suplai gas methane sebagai bahan bakar api. Saat ini dilaporkan warga setempat juga sempat mengalami mual-mual karena mencium bau gas dari sumur.
Untuk menghindari potensi ledakan jika gas tersulut api, di lokasi sekitar sumur kini dipasang garis polisi. Sebelumnya Gubernur Jawa Tengah, Ganjar Pranowo, juga meminta penyebab padamnya api situs abadi Mrapen diselidiki oleh Dinas ESDM.
Banyak peristiwa besar mengambil api dari kompleks api abadi Mrapen sebagai sumber obornya seperti Pekan Olahraga Nasional dan upacara Peringatan Hari Raya Waisak.