Kemerdekaan Malaya, Pulau Pinang dan Malaka dicapai pada 31 Agustus 1957 dengan nama Federasi Malaya. Singapura masih berada di bawah kekuasaan Britania Raya pada saat itu karena letaknya yang stategis. Pada 16 September 1963, Federasi Malaya bersama-sama dengan koloni mahkota Britania, yaitu Sabah (Borneo Utara), Sarawak, dan Singapura, membentuk Malaysia. Kesultanan Brunei, meski mulanya berminat menggabungi Federasi, menarik kembali rencana penyatuan itu karena adanya penentangan dari sebagian penduduk, juga dalih tentang pembayaran royalti minyak dan status Sultan di dalam perencanaan penyatuan.Tahun-tahun permulaan pembentukan atau kemerdekaan diganggu oleh konflik dengan Indonesia yang dicetuskan oleh Soekarno melalui Dwikora karena ketidak sesuaian dengan laporan Sekretaris Jenderal PBB menyangkut pelanggaran Manila Accord dalam pembentukan Malaysia, Dalam perjalanan federasi ini kemudiaan diikuti dengan keluarnya Singapura pada 1965 karena kembali adanya ketidak sesuaian dengan Perjanjian Pembentukan Malaysia dengan dipicu oleh politik diskriminasi, dan pertikaian antar-ras di dalam Insiden 13 Mei pada 1969. Filipina juga membuat pengakuan aktif terhadap Sabah dengan penyelesaian damai pada periode itu berdasarkan penyerahan sebagian wilayah Kesultanan Brunei, yakni bagian timur-utara kepada Kesultanan Sulu pada 1704.
Pengakuan atas wilayah ini masih dilanjutkan hingga saat ini oleh pihak Filipina. Setelah Insiden 13 Mei pada 1969, Kebijakan Ekonomi Baru yang kontroversial—upaya penaikan hasil bagi kue ekonomi bumiputra ("pribumi", yang menyertakan sebagian besar orang Melayu, tetapi tidak selalu penduduk asli) dibandingkan dengan kelompok suku lainnya—diluncurkan oleh Perdana Menteri Abdul Razak. Malaysia sejak saat itu memelihara kesetimbangan politik kesukuan yang lunak, dengan sistem pemerintahan yang memadukan pertumbuhan ekonomi dengan kebijakan ekonomi dan politik yang menyokong keikutsertaan yang pantas dari semua ras.
Di antara tahun 1980-an dan pertengahan 1990-an, Malaysia mengalami pertumbuhan ekonomi yang berarti di bawah kepemimpinan perdana menteri keempat, Dr. Mahathir Mohamad. Pada periode ini Malaysia mengalami lompatan dari ekonomi berbasis pertanian ke ekonomi berbasis manufaktur dan industri (terutama bidang komputer dan elektronika rumahan). Pada periode ini juga, bentang darat Malaysia berubah dengan tumbuhnya beraneka mega-projek. Projek paling terkemuka adalah Menara Kembar Petronas (sempat menjadi gedung tertinggi di dunia), Bandar Udara Internasional Kuala Lumpur (KLIA), Jalan Tol Utara-Selatan, Sirkuit F1 Sepang, Multimedia Super Corridor (MSC), bendungan Pembangkit Listrik Tenaga Air Bakun, dan Putrajaya, pusat pemerintahan persekutuan baru.
Pada penghujung 1990-an, Malaysia diguncang oleh Krisis finansial Asia 1997, juga tidak stabilnya politik yang disebabkan oleh penahanan Wakil Perdana Menteri Dato' Seri Anwar Ibrahim.[54] Terdapat pula tentangan dari kaum sosialis dan reformis, sampai kepada upaya pembentukan negara Islam. Pada 2003, Dr Mahathir, perdana menteri Malaysia yang paling lama menjabat, mundur dan digantikan oleh wakilnya, Abdullah Ahmad Badawi. Pemerintahan baru mengadvokasikan pandangan moderat negara Islam yang didefinisikan oleh Islam Hadhari. Pada November 2007, Malaysia digoyang oleh dua unjuk rasa anti-pemerintah. Unjuk rasa Bersih 2007 sejumlah 40.000 orang dilaksanakan di Kuala Lumpur pada 10 November menganjurkan reformasi daerah pemilihan. Itu dipicu oleh dugaan-dugaan korupsi dan ketidaksesuaian di dalam sistem pemilihan di Malaysia yang condong kepada partai politik yang sedang berkuasa, Barisan Nasional, yang selalu memerintah Malaysia sejak kemerdekaan 1957.
Unjuk rasa lainnya dilakukan pada 25 November di ibukota Malaysia dan dipimpin oleh HINDRAF. Penggerak unjuk rasa ini, Hindu Rights Action Force, melakukan protes berkenaan kebijakan yang timpang, mengutamakan Suku Melayu. Jumlah peserta ditaksir antara 5.000 sampai 30.000. Di kedua-dua kasus itu, pemerintah dan kepolisian berupaya menangani dan mencegah penculikan dari tempat kejadian. Pada 16 Oktober 2008, HINDRAF dilarang karena pemerintah mengecap kumpulan yang tidak berdaftar itu sebagai "ancaman bagi keamanan nasional" karena berusaha mendapatkan bantuan dan dukungan dari kelompok teroris.
